হযরত পীর খাজা খানজাহান আলী (র.) স্মৃতি বিজড়িত ও ভৈরব-রূপসা বিধৌত খুলনার ইতিহাস-ঐতিহ্য গৌরব মন্ডিত। খুলনা নামকরণের উৎপত্তি নিয়ে মতভেদ রয়েছে। তবে সবচেয়ে বেশি আলোচিত মতগুলো হচ্ছে- ধনপতি সওদাগরের দ্বিতীয় স্ত্রী খুলনার নামে নির্মিত ‘খুলনেশ্বরী মন্দির’ থেকে খুলনা নামের উৎপত্তি। ১৭৬৬ সালে ‘ফলমাউথ’ জাহাজের নাবিকদের উদ্ধারকৃত রেকর্ডে লিখিত Culnea শব্দ থেকে খুলনা। অনেক বিজ্ঞজনের মতে ‘কিসমত খুলনা’ মৌজা থেকে খুলনা নামের উৎপত্তি হয়েছে। বৃটিশ আমলের মানচিত্রে লিখিত Jessore-Culna শব্দ থেকে খুলনা এসেছে বলেও অনেকের ধারণা। তবে কোনটি সত্য তা এখনও গবেষণার বিষয়। খুলনা পৌরসভার জন্ম বৃত্তান্তে আসতে গেলে দেখা যায় যে, খুলনা পৌর এলাকা অতীতে জসর (যশোর) জেলার মুরলী থানার অন্তর্গত ছিল। পরে রূপসা নদীর পূর্ব পাড়ে তালিমপুর, শ্রীরামপুর (রহিমনগর) এর কাছে সুন্দরবনের জঙ্গল কেটে নতুন থানা স্থাপন করা হয় এবং এর নাম দেয়া হয় নওবাদ (নয়াবাদ)। কারো মতে এ নতুন থানা ১৭৮১ খ্রিঃ আবার কারো মতে ১৮৩৬ খ্রিঃ সৃষ্টি হয়। ১৮৪২ সালে খুলনা মহকুমার জন্ম হয়। অবিভক্ত বাংলার প্রথম মহকুমা খুলনা। পরে তার পরিধি সম্প্রসারিত হয়ে বর্তমানের খুলনা ও বাগেরহাট জেলা দু’টি নিয়ে ছিল খুলনা মহকুমা। ১৮৬৩ সালে বাগেরহাটে স্বতন্ত্র মহকুমার কার্যালয় স্থানান্তরিত হয়। এরপর ১৮৪৫ সালে সেখানে প্রথম দালান কোঠা ওঠে যা আজকে জেলা প্রশাসকের বাসভবন। খুলনার প্রথম প্রশাসক ছিলেন ডেপুটি মিঃ শোর এবং দ্বিতীয় মহকুমা হাকিম ছিলেন সাহিত্যিক বঙ্কিমচন্দ্র চট্টোপাধ্যায়। তিনি এই বাসভবনে বসে তার উপন্যাস ‘দুর্গেশ নন্দিনী’ রচনা করেছিলেন। পরে ১৮৮২ সালের ২৫ এপ্রিলের সরকারি বিজ্ঞপ্তি অনুযায়ী খুলনা জেলার জন্ম হয় এবং তৎকালীন যশোর জেলার খুলনা ও বাগেরহাট মহকুমা দুটি এবং ২৪ পরগনা জেলার সাতক্ষীরা মহকুমা নিয়ে ঐ সালের ১ জুন থেকে এ নতুন জেলার কাজ শুরু হয়। প্রথম জেলা ম্যাজিস্ট্রেট ছিলেন মিঃ ডব্লুউ এন ক্লে তার নামানুসারে শহরের ক্লে রোড হয়েছে।